Monseigneur Prendergast est natif de Montréal. Il entra au noviciat des Jésuites en 1961 et fut ordonné à la prêtrise en 1972. Il est détenteur des diplômes suivants : Baccalauréat ès arts de Fordham University, Maîtrise en divinité, doctorat en théologie du Toronto School of Theology, licence en théologie de Regis College.
Mgr Prendergast enseigna au Atlantic School of Theology de Halifax de 1975 à 1981 puis assuma le poste de recteur de Regis College à Toronto de 1981 à 1987 et de doyen de la faculté de théologie de 1991 à 1994. En 1988-1989, il présenta des conférences à titre de Daniel Hannin Professor au Campion College de l’Université de Régina.De 1992 à 1994, il fut secrétaire exécutif de la visitation apostolique mandatée par le Vatican auprès des séminaires anglophones du Canada. Au moment de sa nomination à l’épiscopat en 1995, il était Catholic Biblical Association of America Visiting Professor à l’École biblique et archéologique française de Jérusalem.
Nommé évêque titulaire de Slebte et évêque auxiliaire de Toronto le 22 février 1995, il fut ordonné à l’épiscopat le 25 avril 1995 en la Cathédrale St. Michael’s de Toronto. Mgr Prendergast fut nommé au poste de 11e archevêque de Halifax le 30 juin 1998 et y débuta son ministère épiscopal le 14 septembre de la même année. En janvier 2002, il devint Administrateur apostolique du Diocèse de Yarmouth. Il est le représentant canadien au sein du Comité Vox Clara, une commission consultative de la Congrégation du culte divin et de la discipline des sacrements. Ce groupe se penche sur la traduction anglaise de textes sacramentaux. Il fut membre du Conseil permanent de la Conférence des évêques catholiques du Canada, membre de la Commission des relations avec les associations du clergé, de la vie consacrée et du laïcat, co-président du Dialogue Anglican/Catholique romain, un directeur de l’Organisme catholique pour la vie et la famille et a siègé trois fois à la Commission doctrinale. Il siège actuellement sur le comité des communications sociales.
Mgr Prendergast fut nommé dixième évêque et neuvième archevêque d’Ottawa par le pape Benoit XVI le 14 mai 2007. Il fut installé le 26 juin 2007.